Foi no início do século passado, no ano de 1907, que em Portugal se deram os primeiros passos na organização da luta contra o cancro. O entusiasmo com que a ideia foi recebida e acarinhada deveu-se, em grande medida, à dedicação, entusiasmo e clarividência do Professor Francisco Soares Branco Gentil, especialista de renome internacional, já então reconhecido na Europa e Estados Unidos, onde estagiou e se especializou em oncologia. O Professor Francisco Gentil foi o grande dinamizador do Instituto Português para o estudo do Cancro, criado em 1923 com sede provisória no Hospital Escolar de Santa Marta em Lisboa. Anos mais tarde construiu-se na Palhavã, em Lisboa, o local definitivo de instalação do Instituto Português de Oncologia que, posteriormente, veio a adoptar o nome do seu fundador, o Professor Francisco Gentil.

Decorria o ano de 1967 quando nasceu o segundo centro do Instituto Português de Oncologia, localizado em Coimbra, como resposta às necessidades sentidas no Centro do País, relativas à assistência oncológica.

Foi em Abril de 1974, que o Centro do Porto do Instituto Português de Oncologia Francisco Gentil iniciou as suas funções, após um cuidado período de preparação de mais de dois anos. Muitas são as pessoas ligadas à criação e história deste Centro. De entre elas destacam-se os nomes de João dos Santos Ferreira, doador do terreno e artífice da criação no Porto do Instituto de Oncologia; José Guimarães dos Santos, primeiro Director; José Cardoso da Silva, primeiro Director Clínico; Maria Helena da Conceição Vicente, primeira Enfermeira Directora; António Henrique Pereira Alves, primeiro Administrador.

O Instituto Português de Oncologia Francisco Gentil, Centro Regional do Porto distinguiu-se ao longo dos anos pelo dinamismo e lugar cimeiro na qualidade com que acolhe e trata os doentes, pela actividade científica de alta credibilidade que desenvolve e pela qualidade do ensino que realiza na área da oncologia.

Pelo prestigio conquistado adquiriu hoje dimensão europeia e internacional, sendo membro activo da European Organization of Research and  Treatment of Cancer (EORTC).

Os tempos que se vivem nas áreas da biologia e genética trazem à abordagem do "problema cancro" novos conhecimentos e novas esperanças. São estas realidades que o IPO-Porto vive também com profundo empenho, entusiasmo e novos projectos de desenvolvimento. É a resposta aos novos desafios para continuar a desenvolver a qualidade em todos os níveis: da gestão ao ensino; do diagnóstico ao tratamento; da criação de novas estruturas à investigação científica de qualidade nas áreas da investigação de transferência e dos ensaios clínicos.

A procura de novas formas de gestão, mais adequadas aos novos desafios deste novo século e aparentemente mais consentâneas com a melhoria da constante e progressiva da qualidade em todos os níveis de actuação, levou a que o IPO solicitasse à tutela a sua integração no grupo dos hospitais com estatuto de sociedade anónima de capitais exclusivamente públicos, o que veio a formalizar-se através do Decreto-Lei nº 282/2002, de 10 de Dezembro, que alterou a sua designação para IPOFG - CROP, S.A. Novo Decreto-Lei (n.º 233/2005), veio transformar as sociedades anónimas de capitais exclusivamente públicos (S.A.) em EPE - Entidades Públicas Empresariais, a 1 de Janeiro de 2006. A transformação, que visa uma melhor prestação de cuidados de saúde, através da optimização dos recursos, veio dar ao IPO-Porto a sua designação actual:

Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil, Entidade Pública Empresarial (IPOPFG, E.P.E.)